Skip to Main Content
TABLE 2

RNA expression of genes located in the area of the QTLs determined in skeletal muscle, liver, and epididymal fat of B6 and 129 mice at 6 months maintained on standard diet (21.6% fat)

MarkerGeneProbe set nameSkeletal muscle
Liver
Epididymal fat
B6129B6/129PB6129B6/129PB6129B6/129P
D14Mit52 JNK1 104047_at 2113 2461 0.86 0.20 828 1097 0.75 0.28 1027 1404 0.73 0.059 
 PKCδ 160698_s_at 2047 1675 1.22 0.09 2039 1673 1.22 0.58 6405 4085 1.57 0.005 
 Wnt-5a 99390_at 77 343 0.22 0.04 37 92 0.40 0.47 279 576 0.48 0.074 
 Ncoa4 97843_at 1487 2021 0.74 0.035 2634 2940 0.90 0.65 4264 4765 0.89 0.18 
 Cacnaα2δ3 98300_at 4 69 0.06 0.019 111 250 0.44 0.19 79 67 1.18 0.73 
 Tkt 101964_at 2158 6665 0.32 0.008 10334 6403 1.61 0.032 13026 14190 0.92 0.48 
 Itih1 98014_at 63 34 1.85 0.39 9155 13811 0.66 0.30 44 39 1.13 0.77 
 Itih3 100002_at 161 209 0.77 0.66 26969 49473 0.55 0.014 386 1153 0.33 0.31 
 Itih4 98467_at 154 53 2.91 0.15 15128 22741 0.67 0.06 139 533 0.26 0.30 
 Nek4 93210_g_at 272 97 2.80 0.17 122 250 0.49 0.04 169 266 0.64 0.17 
 Stab1 96885_at 185 298 0.62 0.44 439 925 0.47 0.048 1549 680 2.28 0.004 
 Nisch 94236_at 3924 4082 0.96 0.81 3495 4082 0.86 0.81 7759 6707 1.16 0.31 
 Tncc 101063_at 11011 14369 0.77 0.12 36 41 0.88 0.78 35 66 0.53 0.11 
 Phf7 162304_r_at 311 73 4.26 0.026 229 119 1.92 0.43 150 131 1.15 0.65 
 Capn7 160718_at 1701 1843 0.92 0.71 964 802 1.20 0.21 1458 1827 0.80 0.21 
 Sh3bp5 98766_at 643 580 1.11 0.25 446 405 1.10 0.77 458 575 0.80 0.35 
 Btd 95469_at 1077 830 1.30 0.14 2323 2548 0.91 0.46 1446 1360 1.06 0.73 
 Msmb 100715_at 66 42 1.57 0.52 26 61 0.43 0.45 20 27 0.74 0.59 
 Parg 160949_at 364 353 1.03 0.96 323 305 1.06 0.87 632 653 0.97 0.92 
 Slc18a3 101354_at 101 55 1.84 0.12 46 59 0.78 0.36 35 34 1.03 0.94 
 Gdf10 160860_at 610 449 1.36 0.35 282 181 1.56 0.31 914 1043 0.88 0.62 
 Anxa8 97529_at 428 122 3.51 0.29 115 112 1.03 0.97 917 710 1.29 0.23 
 Ppyr1 101736_at 303 151 2.01 0.39 81 121 0.67 0.22 83 208 0.40 0.23 
D14Mit192 Ppp3 BMP 1 97989_at 1466 2089 0.71 0.004 175 161 1.09 0.86 462 676 0.68 0.004 
 Bmp1 92701_at 901 495 1.82 0.12 1132 1047 1.08 0.81 1440 816 1.76 0.031 
 Sh3d4 98848_at 642 176 3.65 0.037 138 284 0.49 0.33 187 214 0.87 0.79 
 Sftpc 94900_at 707 436 1.62 0.31 222 205 1.08 0.90 267 350 0.76 0.38 
 Hr 99875_at 3372 3150 1.07 0.88 768 655 1.17 0.65 2045 2397 0.85 0.74 
 Epb4 103600_at 512 390 1.31 0.10 312 288 1.08 0.76 1362 3792 0.36 0.005 
 Fgf17 98730_at 53 20 2.65 0.25 60 62 0.97 0.93 44 76 0.58 0.11 
 Dok2 102334_at 765 687 1.11 0.69 662 505 1.31 0.27 2483 967 2.57 0.000003 
 Gfra2 92448_s_at 1354 882 1.54 0.09 930 702 1.32 0.47 615 933 0.66 0.20 
 Rb1 97948_at 232 651 0.36 0.09 118 101 1.17 0.81 893 1105 0.81 0.23 
 Itm2b 101123_at 10824 9920 1.09 0.40 31886 25495 1.25 0.18 31553 35829 0.88 0.12 
 Es10 92553_at 3744 3670 1.02 0.78 21599 17669 1.2 0.36 12122 6424 1.89 0.003 
D12Mit231 Ptpn21 99970_at 2588 2770 0.93 0.42 1199 1028 1.17 0.19 819 1213 0.68 0.21 
 Ches1 104664_at 324 165 1.96 0.28 170 143 1.19 0.74 148 252 0.59 0.54 
 Psmc1 160152_at 4010 4453 0.90 0.52 2951 2707 1.09 0.57 2480 2169 1.14 0.04 
 Cpsf2 104161_at 381 194 1.96 0.38 211 406 0.52 0.25 288 338 0.85 0.55 
D3Mit278 Bche 94644_at 188 171 1.10 0.87 282 245 1.15 0.54 272 532 0.51 0.061 
 Serpini1 99494_at 245 287 0.85 0.77 136 168 0.81 0.73 244 219 1.11 0.81 
 Kpna4 100320_at 782 1264 0.62 0.41 139 186 0.75 0.57 871 1266 0.69 0.10 
D3Mit127 Pdha2 99542_at 134 42 3.09 0.24 127 104 1.22 0.80 260 371 0.70 0.46 
 Unc5h3 103742_at 498 94 5.30 0.34 188 258 0.73 0.55 243 540 0.45 0.044 
 Gbp2 104597_at 554 581 0.95 0.84 323 106 3.05 0.19 4380 1995 2.20 0.21 
 Gbp3 103202_at 445 461 0.97 0.88 358 357 1.00 0.98 1675 854 1.96 0.22 
 BMPR1b 97725_at 125 298 0.42 0.31 61 120 0.51 0.80 100 186 0.54 0.053 
 Lmo4 98122_at 1364 1308 1.04 0.80 586 605 0.97 0.80 4906 4343 1.13 0.68 
 Hs2st1 102306_at 168 331 0.51 0.38 204 285 0.72 0.38 437 522 0.84 0.39 
 Sh3glb1 98945_at 619 469 1.32 0.28 208 244 0.85 0.70 762 1090 0.70 0.08 
 Cyr61 92777_at 789 484 1.63 0.10 366 281 1.30 0.53 739 586 1.26 0.38 
 Clca2 103812_at 78 103 0.76 0.77 266 272 0.98 0.95 377 270 1.40 0.46 
 Clca3 100623_at 162 178 0.91 0.86 345 206 1.67 0.10 186 273 0.68 0.23 
 Bbcl10 94448_at 980 1155 0.85 0.35 846 623 1.36 0.07 1354 1123 1.21 0.21 
D10Mit162 Myf 5 101162_at 56 95 0.59 0.25 15 21 0.71 0.73 20 26 0.77 0.76 
 Myf 6 102265_at 4487 7996 0.56 0.05 276 390 0.71 0.49 173 170 1.02 0.97 
 Syt1 93005_at 82 16 5.13 0.12 71 67 1.06 0.93 67 47 1.43 0.64 
 Csrp2 93550_at 181 351 0.52 0.009 2138 2689 0.80 0.24 1107 1126 0.98 0.91 
D11Mit199 Nme2 92625_at 33707 33024 1.02 0.54 20838 21971 0.67 0.93 18439 15031 0.82 0.17 
 Tob1 99532_at 8415 13977 0.6 0.02 6687 4980 1.35 0.35 3698 4587 1.25 0.24 
 Luc7a 160791_at 367 300 1.22 0.59 174 224 2.38 0.47 341 318 0.72 0.93 
 Abcc3 103689_at 552 557 0.99 0.99 15375 12833 1.20 0.25 2545 1643 0.15 0.65 
 Cacna1g 104460_at 57 52 1.08 0.86 37 48 0.77 0.37 42 47 0.25 1.15 
 Chad 99913_at 2929 2489 1.17 0.40 1396 1404 0.98 633 706 1.12 0.58 
D15Mit13 Dab2 104633_at 595 507 1.17 0.72 393 477 0.83 0.57 2134 1176 0.55 0.004 
 C9 104424_at 446 304 1.46 0.50 13868 22674 0.61 0.21 231 487 2.13 0.36 
MarkerGeneProbe set nameSkeletal muscle
Liver
Epididymal fat
B6129B6/129PB6129B6/129PB6129B6/129P
D14Mit52 JNK1 104047_at 2113 2461 0.86 0.20 828 1097 0.75 0.28 1027 1404 0.73 0.059 
 PKCδ 160698_s_at 2047 1675 1.22 0.09 2039 1673 1.22 0.58 6405 4085 1.57 0.005 
 Wnt-5a 99390_at 77 343 0.22 0.04 37 92 0.40 0.47 279 576 0.48 0.074 
 Ncoa4 97843_at 1487 2021 0.74 0.035 2634 2940 0.90 0.65 4264 4765 0.89 0.18 
 Cacnaα2δ3 98300_at 4 69 0.06 0.019 111 250 0.44 0.19 79 67 1.18 0.73 
 Tkt 101964_at 2158 6665 0.32 0.008 10334 6403 1.61 0.032 13026 14190 0.92 0.48 
 Itih1 98014_at 63 34 1.85 0.39 9155 13811 0.66 0.30 44 39 1.13 0.77 
 Itih3 100002_at 161 209 0.77 0.66 26969 49473 0.55 0.014 386 1153 0.33 0.31 
 Itih4 98467_at 154 53 2.91 0.15 15128 22741 0.67 0.06 139 533 0.26 0.30 
 Nek4 93210_g_at 272 97 2.80 0.17 122 250 0.49 0.04 169 266 0.64 0.17 
 Stab1 96885_at 185 298 0.62 0.44 439 925 0.47 0.048 1549 680 2.28 0.004 
 Nisch 94236_at 3924 4082 0.96 0.81 3495 4082 0.86 0.81 7759 6707 1.16 0.31 
 Tncc 101063_at 11011 14369 0.77 0.12 36 41 0.88 0.78 35 66 0.53 0.11 
 Phf7 162304_r_at 311 73 4.26 0.026 229 119 1.92 0.43 150 131 1.15 0.65 
 Capn7 160718_at 1701 1843 0.92 0.71 964 802 1.20 0.21 1458 1827 0.80 0.21 
 Sh3bp5 98766_at 643 580 1.11 0.25 446 405 1.10 0.77 458 575 0.80 0.35 
 Btd 95469_at 1077 830 1.30 0.14 2323 2548 0.91 0.46 1446 1360 1.06 0.73 
 Msmb 100715_at 66 42 1.57 0.52 26 61 0.43 0.45 20 27 0.74 0.59 
 Parg 160949_at 364 353 1.03 0.96 323 305 1.06 0.87 632 653 0.97 0.92 
 Slc18a3 101354_at 101 55 1.84 0.12 46 59 0.78 0.36 35 34 1.03 0.94 
 Gdf10 160860_at 610 449 1.36 0.35 282 181 1.56 0.31 914 1043 0.88 0.62 
 Anxa8 97529_at 428 122 3.51 0.29 115 112 1.03 0.97 917 710 1.29 0.23 
 Ppyr1 101736_at 303 151 2.01 0.39 81 121 0.67 0.22 83 208 0.40 0.23 
D14Mit192 Ppp3 BMP 1 97989_at 1466 2089 0.71 0.004 175 161 1.09 0.86 462 676 0.68 0.004 
 Bmp1 92701_at 901 495 1.82 0.12 1132 1047 1.08 0.81 1440 816 1.76 0.031 
 Sh3d4 98848_at 642 176 3.65 0.037 138 284 0.49 0.33 187 214 0.87 0.79 
 Sftpc 94900_at 707 436 1.62 0.31 222 205 1.08 0.90 267 350 0.76 0.38 
 Hr 99875_at 3372 3150 1.07 0.88 768 655 1.17 0.65 2045 2397 0.85 0.74 
 Epb4 103600_at 512 390 1.31 0.10 312 288 1.08 0.76 1362 3792 0.36 0.005 
 Fgf17 98730_at 53 20 2.65 0.25 60 62 0.97 0.93 44 76 0.58 0.11 
 Dok2 102334_at 765 687 1.11 0.69 662 505 1.31 0.27 2483 967 2.57 0.000003 
 Gfra2 92448_s_at 1354 882 1.54 0.09 930 702 1.32 0.47 615 933 0.66 0.20 
 Rb1 97948_at 232 651 0.36 0.09 118 101 1.17 0.81 893 1105 0.81 0.23 
 Itm2b 101123_at 10824 9920 1.09 0.40 31886 25495 1.25 0.18 31553 35829 0.88 0.12 
 Es10 92553_at 3744 3670 1.02 0.78 21599 17669 1.2 0.36 12122 6424 1.89 0.003 
D12Mit231 Ptpn21 99970_at 2588 2770 0.93 0.42 1199 1028 1.17 0.19 819 1213 0.68 0.21 
 Ches1 104664_at 324 165 1.96 0.28 170 143 1.19 0.74 148 252 0.59 0.54 
 Psmc1 160152_at 4010 4453 0.90 0.52 2951 2707 1.09 0.57 2480 2169 1.14 0.04 
 Cpsf2 104161_at 381 194 1.96 0.38 211 406 0.52 0.25 288 338 0.85 0.55 
D3Mit278 Bche 94644_at 188 171 1.10 0.87 282 245 1.15 0.54 272 532 0.51 0.061 
 Serpini1 99494_at 245 287 0.85 0.77 136 168 0.81 0.73 244 219 1.11 0.81 
 Kpna4 100320_at 782 1264 0.62 0.41 139 186 0.75 0.57 871 1266 0.69 0.10 
D3Mit127 Pdha2 99542_at 134 42 3.09 0.24 127 104 1.22 0.80 260 371 0.70 0.46 
 Unc5h3 103742_at 498 94 5.30 0.34 188 258 0.73 0.55 243 540 0.45 0.044 
 Gbp2 104597_at 554 581 0.95 0.84 323 106 3.05 0.19 4380 1995 2.20 0.21 
 Gbp3 103202_at 445 461 0.97 0.88 358 357 1.00 0.98 1675 854 1.96 0.22 
 BMPR1b 97725_at 125 298 0.42 0.31 61 120 0.51 0.80 100 186 0.54 0.053 
 Lmo4 98122_at 1364 1308 1.04 0.80 586 605 0.97 0.80 4906 4343 1.13 0.68 
 Hs2st1 102306_at 168 331 0.51 0.38 204 285 0.72 0.38 437 522 0.84 0.39 
 Sh3glb1 98945_at 619 469 1.32 0.28 208 244 0.85 0.70 762 1090 0.70 0.08 
 Cyr61 92777_at 789 484 1.63 0.10 366 281 1.30 0.53 739 586 1.26 0.38 
 Clca2 103812_at 78 103 0.76 0.77 266 272 0.98 0.95 377 270 1.40 0.46 
 Clca3 100623_at 162 178 0.91 0.86 345 206 1.67 0.10 186 273 0.68 0.23 
 Bbcl10 94448_at 980 1155 0.85 0.35 846 623 1.36 0.07 1354 1123 1.21 0.21 
D10Mit162 Myf 5 101162_at 56 95 0.59 0.25 15 21 0.71 0.73 20 26 0.77 0.76 
 Myf 6 102265_at 4487 7996 0.56 0.05 276 390 0.71 0.49 173 170 1.02 0.97 
 Syt1 93005_at 82 16 5.13 0.12 71 67 1.06 0.93 67 47 1.43 0.64 
 Csrp2 93550_at 181 351 0.52 0.009 2138 2689 0.80 0.24 1107 1126 0.98 0.91 
D11Mit199 Nme2 92625_at 33707 33024 1.02 0.54 20838 21971 0.67 0.93 18439 15031 0.82 0.17 
 Tob1 99532_at 8415 13977 0.6 0.02 6687 4980 1.35 0.35 3698 4587 1.25 0.24 
 Luc7a 160791_at 367 300 1.22 0.59 174 224 2.38 0.47 341 318 0.72 0.93 
 Abcc3 103689_at 552 557 0.99 0.99 15375 12833 1.20 0.25 2545 1643 0.15 0.65 
 Cacna1g 104460_at 57 52 1.08 0.86 37 48 0.77 0.37 42 47 0.25 1.15 
 Chad 99913_at 2929 2489 1.17 0.40 1396 1404 0.98 633 706 1.12 0.58 
D15Mit13 Dab2 104633_at 595 507 1.17 0.72 393 477 0.83 0.57 2134 1176 0.55 0.004 
 C9 104424_at 446 304 1.46 0.50 13868 22674 0.61 0.21 231 487 2.13 0.36 

RNA levels are expressed in arbitrary units after global normalization. P was calculated using a Student’s t test. All significant changes (P < 0.05) are indicated in bold. Abbc3, ATP-binding cassette, subfamily C (CFTR/MRP), member 3; Anxa, annexin; Bbcl, B-cell leukemia/lymphoma; Bche, butyrylcholinesterase; BMP, bone morphogenetic protein; Btd, biotinidase; C9, complement component 9; Cacnaα2δ3, calcium channel, voltage dependent, α2/δ subunit 3; Cacna1g, calcium channel, voltage dependent, T type, α1G subunit; Capn, calpain; Chad, chondroadherin; Ches, checkpoint suppressor; Clca, chloride channel calcium activated; Cpsf, cleavage and polyadnylation specific factor; Csrp, cystein-rich protein; Cyr, cystein-related protein; Dab2, disabled homolog 2; Dok2, downstream of tyrosine kinase 2; Epb4, erythrocyte protein band 4.9; Es, esterase; Fgf, fibroblast growth factor; Gbp, guanylate nucleotide binding protein; Gdf, growth differentiation factor 10; Gfra2, glial cell line–derived neurotrophic factor family receptor (α2); Hr, hairless protein; Itm, integral membrane protein; Hs2st1, heparan sulfate 2-O-sulfotransferase 1; Itih, inter-α trypsin inhibitor, heavy chain; JNK, c-Jun NH2-terminal kinase; Kpna, karypherin α; Lmo, LIM domain only; Luc7a, cisplatin resistance-associated overexpressed protein; Mbtd1, malignant brain tumor–related domain containing 1; Msmb, β-microseminoprotein; Myf, myogenic factor; Ncoa, nuclear receptor coactivator; Nek4, NIMA (never in mitosis gene a)-related expressed kinase 4; Nisch, nischarin; Nme2, expressed in nonmetastatic cells 2, protein; Parg, poly(ADP-ribose) glycohydrolase; Phf, PHD finger protein; Psmc, protease (prosome macropain) 26S subunit ATPase; Ptpn21, protein tyrosine phosphatase nonreceptor type 21; Ppp3, protein phosphatase 3; Ppyr, pancreatic polypeptide receptor; Rb, retinoblastoma; Serpini, serine proteinase inhibitor, clade I; Sftpc, surfactant associated protein C; Sh3bp, SH3-domain binding protein; Sh3d, SH3-domain protein; Slc, solute carrier; Stab, stabilin; Syt, synaptotagmin; Tkt, transketolase; Tncc, troponin C; Tob1, transducer of ErbB-2.1; Unc5h3, unc5 homolog 3; Wnt5a, wingless-related MMTV integration site 5A.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal